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本制品是一种土壤和粪便基因组DNA提取试剂盒。本试剂盒采用Buffer CZ和Buffer SDS两种溶液裂解土壤和粪便中的微生物，释放出土壤和粪便中的微生物基因组DNA。本试剂盒中的Buffer HTC是一种腐殖酸清除剂，与Buffer SP共同作用，能够清除大部分的腐殖酸和蛋白等杂质。另外，MagPure Beads选择性吸附DNA分子，对腐殖酸和蛋白等杂质的吸附量很少，通过多次洗涤液的洗涤能够完全除去MagPure Beads吸附的少量杂质。在洗脱液的作用下MagPure Beads释放吸附的基因组DNA，即获得高质量的基因组DNA。采用本试剂盒提取土壤和粪便基因组DNA无需苯酚、氯仿抽提，也无需蛋白酶K裂解，获得DNA的OD260/OD280比值一般为1.7～1.9，提取的DNA可直接用于后续PCR等实验。

• 样品裂解：
  
  • 土样裂解：称取250mg的土样，加入600μL Buffer CZ和60μL Buffer SDS，振荡混匀3min，65℃水浴20min，间或混匀。
    
  • 粪便裂解：称取200mg固体粪便样本，加入600μL Buffer CZ和60μL Buffer SDS，振荡混匀3min，65℃水浴20min，间或混匀。
    
  • 水样裂解：采用微孔滤膜或者微孔滤纸(0.22μm或者0.45μm)过滤水样，水样的用量依据水中微生物的含量而定。然后将微孔滤纸或者滤膜剪碎之后加入600μL Buffer CZ和60μL Buffer SDS，振荡混匀3min，65℃水浴20min，间或混匀。
  • 加入裂解液之后充分振荡土样，使其呈现匀致状态。
    
  • 裂解过程间或混匀，使其充分裂解。
    
  • 若粪便样本为液态状，加入200μL样品到离心管中，然后按照固态粪便裂解方法进行裂解。
    
  • 若水样比较浑浊，可以将水样低速离心，然后取上清再进行微孔滤膜过滤。
• 12000rpm室温离心3min，吸取上清至一干净2mL的离心管中。
  
  • 如需得到无RNA的DNA，可在水浴后加入20μL RNase A (10mg/mL)，混匀后室温放置3～5min。
• 加入上清1/4体积的Buffer SP和200μL Buffer HTC，漩涡混匀，-20℃放置15min，间或混匀。
  
  • Buffer HTC是腐殖酸清除剂，使用前将沉淀充分悬浮起来再吸取。
• 12000rpm室温离心5min，吸取上清至一干净2mL离心管中。
  
• 加入900μL Buffer GA和40μL MagPure Beads，充分混匀，室温结合3min，间或混匀。
  
  • 向离心管中加MagPure Beads之前，请将其充分混匀。
    
  • 请务必将MagPure Beads加至液面以下，尽量将枪头上残留MagPure Beads吸打干净。
• 将离心管置于磁力架上1min，待MagPure Beads完全吸至管壁之后，吸弃上清，从磁力架上取出离心管。
  
  • 吸弃上清前，若管口粘有少量MagPure Beads，请用上清液将其洗至离心管内，以确保所有MagPure Beads吸附至管壁上。
    
  • 吸弃上清时，请勿吸入MagPure Beads，尽量吸净上清。
    
  • 从磁力架上取出离心管后，若有少量上清，请将离心管置于磁力架上，再次吸取上清。
• 向离心管中加入700μL Buffer P3，振荡混匀，将离心管置于磁力架上1min，待MagPure Beads完全吸至管壁之后，吸弃上清，从磁力架上取出离心管。
  
  • 吸弃上清前，若管口粘有少量MagPure Beads，请用上清液将其洗至离心管内，以确保所有MagPure Beads吸附至管壁上。
    
  • 吸弃上清时，请勿吸入MagPure Beads，尽量吸净上清。
    
  • 从磁力架上取出离心管后，若有少量上清，请将离心管置于磁力架上，再次吸取上清。
• 向离心管中加入700μL 70%乙醇，振荡混匀，将离心管置于磁力架上1min，待MagPure Beads完全吸至管壁之后，吸弃上清，从磁力架上取出离心管。
  
• 重复步骤8一次，室温开盖干燥15～20min或者55℃恒温箱开盖干燥5～7min至管内无液体残留。
  
  • 干燥前，请尽量吸净管内的液体。
    
  • 干燥前，若出现液体挂壁现象，可将离心管短暂离心之后，再将其置于磁力架上，待所有MagPure Beads完全吸至管壁之后再吸净管内液体。
• 加入50μL TE Buffer (pH8.0)，65℃洗脱5min，间或混匀。
  
  • 请将管壁上所有MagPure Beads悬浮在TE Buffer中。
    
  • 根据实验需要可以将TE Buffer(pH8.0)用无菌的双蒸水(pH>7.5)代替。
• 取出离心管并置于磁力架上1min，待MagPure Beads完全吸至管壁上之后，吸取上清至新无菌的离心管，即获得基因组DNA。
  
  • 吸取上清前，请确保MagPure Beads完全吸至管壁，请勿吸入MagPure beads，否则影响基因组DNA的纯度。

• 得率低
  
  • 土壤样品裂解不充分。土壤样本中加入裂解液之后请务必充分振荡混匀，使其呈匀致状态，否则造成微生物包裹在土壤颗粒中，造成微生物释放率低，获得基因组DNA浓度也偏低。另外，裂解过程间或混匀，使土壤保持悬浮状态。
    
  • 结合不充分。加入Buffer GA和MagPure Beads之后，请将其充分混匀，并使MagPure Beads处于悬浮状态。
    
  • 操作过程中丢失MagPure Beads。结合及洗涤过程中可能有少量的MagPure Beads粘在离心管管口上，吸弃上清前请用少量的上清液清洗管口，使粘在管口的MagPure Beads也吸附至管壁上。
    
  • 洗脱液不合适。洗脱缓冲液的pH值对洗脱效率有影响，如果使用水进行洗脱，请确保其pH值> 7.5，pH值过低可能导致低洗脱效率。
    
  • 洗脱过程操作不当。洗脱时请将管壁上所有MagPure Beads溶解在TE Buffer中。
    
  • 取样量太多或者太少。请严格按照说明书操作。
• 获得的DNA溶液有颜色
  
  • 取样量过多。严格按照说明书操作，如果需要增加土壤用量，可以等比例增加后续实验步骤溶液的用量。
    
  • 裂解不充分。加入裂解液之后请充分悬浮土壤，保证微生物从土壤颗粒中释放出来，使其裂解更充分。
    
  • 洗涤不充分。洗涤过程中请充分悬浮磁珠，保证磁珠洗涤干净彻底。
    
  • 最后一步吸取上清时吸入MagPure Beads。请确保所有MagPure Beads吸至管壁上之后，再吸取上清。如果不小心吸入MagPure Beads，请将上清液放回原管，待MagPure Beads完全吸至管壁之后重新吸取上清。或者将吸取的DNA溶液10000rpm离心2min，再取上清。
• 获得的DNA条带弥散
  
  • 土样不新鲜。请拿到土样之后尽快抽提基因组，保证微生物的DNA完整性。
• DNA样品不纯，抑制或者干扰后续实验反应
  
  • 乙醇有残留。请吸弃上清后从磁力架上取出离心管，放置2min之后再将离心管置于磁力架上30 s，吸净管底的液体。
    若出现残液的挂壁现象，请短暂离心之后将离心管置于磁力架上30 s，吸净离心管内的液体。
    
  • MagPure Beads洗涤不充分。向离心管中加入70%乙醇以后，请充分混匀，使MagPure Beads充分悬浮在70%乙醇中。
    
  • MagPure Beads没有完全干燥。请将MagPure Beads完全干燥，保证无乙醇残留。
    
  • 最后一步吸取上清时吸入MagPure Beads。请确保所有MagPure Beads吸至管壁上之后，再吸取上清。如果不小心吸入MagPure Beads，请将上清液放回原管，待MagPure Beads完全吸至管壁之后重新吸取上清。或者将吸取的DNA溶液10000rpm离心2min，再取上清。
    
  • 基因组DNA加量过多或者未加入BSA。如果基因组DNA浓度过高，请将其稀释至20ng/μl，并在PCR反应体系中加入终浓度为16mg/mL BSA。